Hola. No me pasó nada parecido pero sí he comprado tickets por Vueling y, al cambiar la reserva vía Internet, me pasó que me llegaron dos mails: uno por el ticket original -nuevamente, porque ya lo había recibido al hacer la primera reserva- y el nuevo, con la nueva fecha que había elegido para el viaje.
No entiendo muy bien eso de que la cantidad que te cargaron en la cuenta era inferior a la suma de los dos billetes. ¿Te debitaron el monto de un viaje o había algo más? Si era el monto del viaje no hubo ningún problema. Simplemente, al regresar a la página anterior el sistema te tomó dos confirmaciones del viaje y te hizo llegar dos mails idénticos, que en realidad corresponden a una misma operación. Ahora, si lo que te debitaron de tu cuenta no es el monto del viaje sino algo más, entonces ahí sí tenés que reclamar. No creo que te encuentres con demasiados problemas porque al haber dos mails idénticos, evidentemente se trata del mismo viaje.
No recuerdo si en el sitio de Vueling aparece la advertencia, pero nunca hay que apretar el botón "Atrás" del navegador ni ir a otro sitio cuando se está haciendo una operación. Si se cuelga la máquina, es preferible esperar un poco y ver si llega la confirmación por mail o, en su defecto, comunicarse por teléfono y preguntar, pero nunca ir hacia atrás.
Si cancelaste el pago en el banco, entiendo que perdiste tu reserva. Si es así y la aerolínea no te facturó nada de más, no veo problema en que hagas otra reserva; pero recordá no hacer clic en el botón "Atrás" del navegador y esperá, porque a veces la confirmación del pago con tarjeta puede demorar un poco. Espero haberte ayudado. Saludos y buena suerte.